铁路行业矛盾重重
　　（一）低耗能、低费率的优势与行业竞争中的败退
　　与公路、航空相比，铁路在能耗、运价上的比较优势明显。运行700公里以上，铁路的单位能耗不足航空的1/26，仅为公路的1/6；铁路的运价不足航空的1/7，仅占公路的1/2。
　　尽管铁路在能耗、运价方面的优势明显，但过去30年铁路在与公路的市场竞争中节节败退。目前铁路客运量仅占总运量的5.13%，货运量仅占总运量的11.24%，30年来分别下降了25个百分点和30个百分点。
　　（二）高运输效率与低盈利水平
　　我国铁路运输长期处于高负荷状态。我国的铁路运营里程仅占世界的6%，却完成了世界铁路1/4的工作量。我国铁路的路网面积密度不足美国的1/3，人口密度不足美国的1/13，但货运的运输密度为美国的3倍多，客运的运输密度为美国45倍多。我国铁路运输以极低的路网密度，承担了世界第一的货运运输密度和世界第二的客运运输密度。
　　但是，铁路的高运输效率并没有带来高的利润，铁道部仍处于盈亏平衡点，2010年和2011年分别亏损1500万、3100万。
　　（三）不断拓展的路网与无法打开的运能瓶颈
　　自2003年以来，铁路建设实现了跨越式发展。2004年至2010年间，铁路设施固定资产投资额的年复合增长率为36.74%，其中2008年投资额大幅攀升至4168亿元，同比增幅达61.5%。
　　在高投资的带动下，铁路营业里程的增速有了明显提升。2008年至2011年间，铁路运营里程的年复合增长率为5.13%，其中2009年铁路营业里程为85517公里，同比增幅达7.32%。
　　然而在高投资的带动下，铁路的客货运运能没有得到有效释放。2008年至2011年间，铁路客、货运周转量的年复合增长率分别为5.38%、4.08%。其中，2009年铁路客运周转量仅增长1.29%，货运周转量仅增长0.53%。
　　资源配置效率低下，结构性问题突出
　　（一）投资主体单一
　　2010年，国家铁路运营里程为66,239公里，合资铁路运营里程为20,577公里，地方铁路运营里程为4,362公里。尽管近年来铁道部在引进外部投资者方面做一定努力，合资铁路比例也从1995年的4.41%上升到了2010年的22.57%，但国家铁路比例居高不下，2010年国家铁路的比例高达72.65%，占据主导地地位。
　　另外，合资铁路虽然占比有了一定提高，但不少是通过部省合作的方式建设的，企业主体地位不明确，实际上是被铁道部控制的。以国内最长的合资铁路集通铁路为例，该铁路由铁道部和内蒙古自治区政府合资建设的，其中铁道部出资10.49亿，控股60%，而内蒙古自治区政府股权划转后的持股比例仅为9.14%。
　　（二）地理分布不均衡
　　我国铁路路网的地理分布不均衡，主要表现在东部地区客运能力不足，西部地区货运能力不足。
　　东部地区虽然单位面积铁路密度较高，但是单位人口铁路密度较低，不足西部地区的1/5。这直接导致了东部地区铁路设施完备、节点密集，但铁路运行不够通畅，在春运等高峰期客运运力远不能满足需求。
　　对中西部地区而言，单位面积铁路密度不足，直接导致西部地区铁路运输供不应求，货运能力不足。以西部十省一市2010年的货运周转量为例，铁路货物周转量占公路与铁路货物总周转量的比例在50%左右，2010年铁路货运周转量同比增长率平均值在9%左右，表现出西部地区对铁路运输的需求较高。而在铁路供给方面，西部十省一市从2001年至2010年间铁路里程的平均增长率在4%左右，供给紧张的局面难以得到有效缓解。
　　（三）设备现代化进程缓慢
　　"十五"期间，复线铁路、电气化线路的复合增长率仅为2.71%和6.3%，"十一五"期间增长率提高到了9.04%和17.19%，但复线率和电气化率仍然落后于发达国家。2010年，我国铁路复线率为40.7%，而英国为69.8%；电气化率为46.2%，而法国为58.5%。
　　机车方面，机车升级换代的节奏在2009年之后才有所加快。低效率、高能耗的蒸汽车在1996年占比达24.55%，一直到2002年才逐渐退出市场。同时，高效环保的电力车保有量增长缓慢，2004年至2008年的复合增长率仅为6.2%，直到2009年增长率才达到11.15%，占比接近40%。
　　（四）客货车结构落后
　　2010年，铁路客车达50,391辆，比1996年增长了49%，除2009年外其余各年增速平稳。从结构上看，硬座车比例虽然持续下降，但仍是占比最高的车型，2010年硬座车比例为35.63%。同时，面向较高端消费需求的软座车增长缓慢，2006年占比仅为1.94%，直到2010年其占比也只有7.69%。
　　2010年，铁路货车达622,284辆，较1996年增长40%。从结构上看，敞车比例最高，且呈上升趋势，由1996年的61.51%上升到2010年的67.3%。同时其他车型增长缓慢。2010年冷藏车占比仅为0.99%，平车占比为6.37%。
　　（五）货物运输以煤炭为主导，压制其他大宗商品的运输需求
　　长期以来，铁路运输优先安排给旅客运输，其次安排给具有战略意义的大宗物资，其中煤炭就占据了铁路货物运输的半壁江山。2010年铁路货物运输量中，煤炭占比达51%，货物周转量中煤炭占比也达39%，货物运输结构十分集中。
　　其他大宗商品如钢铁、石油、粮食等的铁路货运需求受到压制，转而寻求运费更高的公路运输，直接导致了社会物流成本的高企。
　　煤炭作为铁路货运的最大需求来源，近年来运量和周转量提升明显。2010年，全国铁路煤炭运量为20亿吨，同比增长14.26%；铁路煤炭周转量为10，015亿吨公里，同比增长18.13%；2011年，全国铁路煤炭运量为22.7亿吨，同比增长13.49%。
　　背后的体制特征--政企合一
　　（一）机构设置"大而全"
　　目前铁道部机构设置冗杂，铁道部机关下有运输局等18个机关部门，铁路局下设北京铁路局等18个地方铁路主管部门，另有铁道部审计中心等18个事业单位及中铁快运等5个企业，形成了"大而全"的组织结构。
　　铁道部作为国务院下属的铁路主管部门，同时承担着国家铁路直接出资人、管理者、经营者的职责，既是行业政策的制定者和监管者，又是生产调度、运输组织、市场经营的执行者。这种政府行政管理与企业经营决策职能界限不清的状况，既难以制定公正平等竞争的市场规则，也无法形成独立的市场经营主体，更造成了政府和市场职能的双重缺位。
　　1、政府职能缺位。
　　保持路网的完整和调度指挥的集中统一，以确保铁路安全和运输效率，长期以来是铁道部反对改革的重要理由。但是，2011年7月23日那场致40人死亡的特大事故，打破了这一神话。调查表明，该事故既暴露出了信号设计上的缺陷，也反映出了故障应急处置和安全管理上的漏洞，是一起"不该发生的、可以避免和防范的责任事故"。
　　2、"收支两条线"下市场职能缺失。
　　铁道部长期保持"收支两条线"的管理体制，制定统一的匀速价格，将各地方的铁路运输收入全部集中起来，再根据各地区维持正常生产和经营活动所需，确定收入调整系数，进行分配。采取以这种成本为基础的内部资金清算关系，推动了成本刚性上扬。
　　（二）运价管制，运输主体缺乏定价权
　　1991年5月1日我国开始实施的《铁路法》，规定了不同铁路类型的价格管理权限。
　　1、铁路运输主体缺乏自主定价权。
　　国家发展改革委员会作为国务院的价格主管部门，统一负责全国的价格工作。发改委对铁道部提出的运价调整意见进行审核，然后上报国务院或地方政府批准。运价的调整幅度、范围等经国务院或地方政府批准后，再由发改委、铁道部或地方铁路主管部门来制定具体运价调整方案，确定不同旅客和货物类别的具体运价，并组织实施。而作为运输主体的铁路局，基本无法自主确定客货运价格。
　　2、运价形成机制僵化。
　　目前，由中央管制的运价占铁路运价的主要部分，运价由国家在适当的时期进行一次性调价，不仅周期长，而且确定之后就很难变动。这种高度集中的运价形成机制的直接后果，是铁路运价机制僵化，不能适应市场竞争的要求。
　　（三）统一调度，铁路局缺乏核心产权
　　根据铁道部制定的《铁路技术管理规程》，铁路的行车工作坚持集中领导、统一指挥、逐级负责的原则--局与局之间由铁道部统一指挥调度，局管内各区段间由铁路局统一调度，一个调度区段内由本区段统一指挥。18个铁路局在这一规程的指导下，制定《行车组织规则》，对管内行车运行的具体细则做出规定。
　　每天9点前，铁道部向各铁路局下达次日轮廓计划，内容包括：分界口交接列车数、重车数、车种别排空车数、通过限制口的装车数等。铁路局负责管内的车流组织和车流调整，编制铁路局每日调度计划，并组织站段完成。按照铁道部批准的日计划装车去向别和限制口的装车要求，铁路局再审批各站段日装卸车计划，组织各站段按日计划完成装卸车任务。
　　铁路局缺乏核心产权：虽然作为运输主体的铁路局负责其管内的调度指挥，但要服从铁道部的统一调度。铁路货物运输过程实际上是重车流和空车流不断形成、不断消失的过程，行车调度就是对该过程的调整。行车调度本质上是铁路运输生产的指挥权，是铁路运输企业最核心的产权，而目前这一产权仍掌握在铁道部手中。
　　（四）统一清算，运输主体缺乏降低成本的激励
　　我国铁路始终没有摆脱高度集中的"收支两条线"，运输收入由铁道部"统收、统支、统分"的清算模式。按照这种分配模式，作为运输主体的铁路局不能从市场上直接取得运输收入，必须通过向铁道部清算获得自己的清算收入。
　　铁道部制定的《铁路运输进款清算办法》规定，铁路运输进款清算的总体思路是：收入来自市场，旅客运输、专业运输承运结算，普通货运分段计算，提供服务相互清算。
　　对于普通货物运输，该办法规定：在不同铁路类型的企业主体之间，按"分段计算"进行清算，在铁路局之间按"管直"清算，即管内货运进款全部归己，直通货运按运行、发送、到达分别清算。
　　铁路运输主体缺乏降低成本的激励：清算收入不是根据市场价格，而是以铁道部确定的"清算价格"为基础，并考虑一定的利润（按每万换算吨公里全路平均利润额进行计算），来确定、调整各铁路局的清算单价，以便保持各铁路局大体相同的盈亏水平。这种"大锅饭"式的分配方式，平衡了各铁路局的运营成本差异，但以成本为基础的收入清算方式，扼杀了铁路运输企业的积极性，不能形成铁路局降低成本的激励。
　　国家铁路与合资铁路之间的普通货物运费实行"分段计算"的办法清算。合资铁路的营业收入包括：在合资铁路管内取得的分段运费，按分段计算方法清算得的在合资铁路管内的电力附加费等。在"分段计算"的方式下，合资铁路遵循统一的清算办法。由于单价又是以成本为基础的，为了提高清算单价就必须提高运输成本，这又与企业成本最小化的盈利原则相违背。在这种情况下，合资铁路不惜以绕弯路的方式来提高清算收入，其运行效率低下就可想而知了。