中翰税务合伙人王骏表示，《通知》中最大的完善主要是取消了原试点地区中对营业税差额征税的相关规定。据了解，此前试点地区在计算销售额时，对试点纳税人提供应税服务，按照国家有关营业税政策规定差额征收营业税的，允许其以取得的全部价款和价外费用，扣除支付给非试点纳税人价款后的余额为销售额，而《通知》中则取消了上述规定。
对此，王骏表示，原本试点地区保留营业税差额征税主要是便于和非试点地区对接，营改增在全国开展后即不再有非试点地区概念，因此《通知》取消了差额征税相关规定，未来交通运输业将受到较大影响。
据了解，此前为了和非试点地区对接，试点地区交通运输服务业在试点过程中除按“营改增”以票抵税操作外，还需考虑和非试点对接延续过去部分营业税差额征税的做法，导致在实践中出现一些问题，也在一定程度上造成试点地区部分交通运输企业税负有所上升。未来取消营业税差额征收后，全国交通运输业将统一按照“营改增”要求进行，上述问题将得到解决。
《通知》涉及的修改内容还包括新规定原增值税一般纳税人自用的应征消费税的摩托车、汽车、游艇，其进项税额准予从销项税额中抵扣，相当于增加了抵扣进项。王骏表示，对许多私营交通运输企业主来说，此举将起到可观的降低税负效果。
北京华兴盛税务师事务所副总经理陈志坚表示，新的试点方案只保留了有形动产融资租赁的差额政策，对一些存在大量代收转付或代垫资金的行业的小规模企业影响较大，营改增前，其代收代垫金额，予以合理扣除计算营业税;营改增后，不能差额，又因为是小规模纳税人不能抵扣，影响较大。不过陈志坚也指出，这是一种暂时的痛，“增值税采用对增值额征税，如果全国范围同行业的扩围，没有差额政策也是发展趋势”。
此外，文件还规定，原增值税一般纳税人自用的应征消费税的摩托车、汽车、游艇，其进项税额准予从销项税额中抵扣。
王骏表示，原先增值税一般纳税人购买是不可以抵扣进项的，这次改革全部都可以抵扣进项。
“上海营改增试点的时候，我们建议增值税一般纳税人不要自己购买小汽车，去租赁公司租用，开增值税专票抵扣，上海方面明确这样可以抵扣，但北京则不许这样做。现在来看，此次的规定是为了平息这种争议。”王骏说。