10月9日，方舟子在微博上呼吁司马南卸载360安全浏览器，称其“不安全”。此后，方舟子连发微博，句句针对360的安全问题。

　　360发出措词强硬的声明，回应方舟子质疑，声明中称：百度抹黑360安全浏览器、遏制360搜索，必是徒劳无益。而奇虎360董事长周鸿祎也在个人微博上称，这是360搜索引擎竞争对手之一的百度在抹黑360浏览器，试图遏制360搜索的发展。

　　10月11日，在知名打假斗士、科普作家方舟子发文称360安全浏览器根本不安全后，360宣布投资千万设搜索打假基金，并向方舟子发出邀请，邀请请方舟子担任搜索打假基金首席顾问。不过，方舟子马上出来公开回应，称“奇虎360刚刚造谣说我‘被百度以金钱收买和利用’，马上自己就要拿出1000万来收买我当‘首席顾问’，这脸翻得比一般的流氓都快。”

　　方舟子还提醒说，今年8月有国外网站指控360杀毒软件向用户假报微软Windows系统有漏洞，然后把360浏览器伪装成微软补丁（文件名模仿微软补丁文件名）误导用户安装360浏览器，并附上国外网站对此事的分析。

　　360则在其官方微博上称：“有网友爆料方舟子被百度以金钱收买和利用，以所谓‘打假斗士’的身份，与司马南一唱一和，频频出言恶语攻击360安全浏览器，充当打击360的马前卒。”

　　方舟子做客腾讯微访谈就做出回应，称“未收过百度、金山或任何其他公司的钱，说别人收受贿赂是严重的指控，是要有证据的，否则是造谣和诽谤。”